“А зачем ты хочешь прочитать 22 тысячи файлов? Странно это”
“Пока не вылезла ошибка OutOfMemoryError, ты должен радоваться жизни и не роптать. А пямятью занимается GC, он лучше знает, когда чистить”.
Правда, всё это написано несколько лет назад, и ответить, скорее всего, уже некому.
В винде64 проблем с виртуальной памятью нет, зато проблемы появляются в тот момент, когда остальным приложениям почему-то (тоже странное желание:-)) быстро нужна память или доступ к диску.
Забавный момент: если принудительно ограничить память для джавского приложения, то оно закатывает губу и начинает работать более предсказуемо.

ImageIO то ли имеет протечку памяти, то ли у них в потрохах осталась логика расчитанная на маленькие файлы и ооочень медленный доступ к дискам.