В 1642 женился на Мэри Поуэл — и эта женитьба превратила его до того безмятежное существование в целый ряд домашних бедствий и материальных невзгод. Жена уехала от него в первый же год и своим отказом вернуться довела его до отчаяния. Свой собственный неудачный опыт семейной жизни Мильтон распространил на брак вообще и написал полемический трактат «The Doctrine and Discipline of Divorce» («О разводе»). В феврале 1652 он ослеп.
На старости Мильтон очутился один в тесном кругу семьи — третьей жены (первая и вторая умерли) и трех дочерей от первого брака;